有些男性不育症用药物是无法治愈的，也有些经药物治疗虽有好转，但仍解决不了根本问题，这时就要考虑能否用手术来治疗。

通常以下五种情况经手术后可能还有恢复生育的希望： (1)梗阻性无精子症 这是指睾丸生精功能正常，但精子排出体外的通道有阻塞，致精液中没有精子的男性不育情况。若经手术探查或输精管造影证实阻塞位于附睾内，可以作附睾和输精管的吻合手术，使附睾中的精子可以直接进入输精管再排出，这种男性不育的治疗手术虽然方法比较容易，但成功率低。

近年随着显微外科的进展，可以将附睾在阻塞的近端横断，选择有含精子流出的附睾管与切断的输精管远端作对接吻合手术。由于附睾管相当纤细，手术难度较大。手术后约?9％的病人短时期内能在精液中出现精子，但因为附睾中的精子发育尚不成熟，所以手术后能生育者仍不多。 (2)输精管已经结扎或因其他原因而曾断裂者 有些绝育手术后的男子，因为原有子女死亡要求复孕，或因再婚或其他情况要求再生育者，可以将原输精管结扎段切除，然后对接吻合。对接的成功率可达78％，能使女方怀孕者约为33％。 (3)精索静脉曲张 有精索静脉曲张的病人，精液质量常受影响而使精子计数下降或活动力减退，如经药物治疗未见好转，则可以手术结扎精索内静脉以阻断血液的返流，如同时将精索内静脉与腹壁下静脉吻合则更有利于血液回流。手术后约30～40％的病人可以恢复生育力。 (4)先天性输精管发育不全 这种男性不育病人因为生来就没有输精管，或者虽有一长段输精管，但狭窄或闭塞，精子无法排出，也无法作吻合手术。现在有用杯状硅橡胶囊缝在附睾的切口上置于阴囊内，以收集经附睾排出的精子。此后定期抽吸硅囊，将抽得的精子作人工授精。现已有生育孩子的报告，但为数很少。 (5)射精管阻塞 射精管是精子排出即将进入尿道的最后一个关口。一旦阻塞则等于大门禁闭。因为射精管的开口位于尿道深处，无法直接作手术，一般都是通过尿道镜用电切刀将相当于开口部的精阜处刨除一片，于是闭塞处常可见到新的开口。