男性包皮环切导致的阴茎癌
1989年在美国儿科学会的包皮环切特别工作组的综述中，有5项北美发表的有关阴茎癌的研究。此研究中所有发生阴茎癌的男人在其新生儿阶段没有做达包皮环切术（生命晚期做包皮环切不可能提供此种抗阴茎癌的保护作用）。

在非洲也有类似的观察，在未做包皮环切的男人中阴茎癌的易感性增高，这可能是由人乳头瘤病毒介导的。最近一项北美的病例对照研究发现，阴茎癌和新生儿期未做包皮环切有明显的关系。法国一项横断面研究发现，阴茎上皮内新生瘤（PIN）可能是某些男人阴茎癌的预兆，出与未做包皮环切有关。虽然许多人认为，改善卫生状况可降低阴茎癌的危险，但缺乏证明这种干预有效的科学证据。据估计，美国每年约发生理50-1000例阴茎癌，患者中所有在出生时未做包皮环切的男人死亡率可高达25%。新生儿包皮环切至少能使阴茎癌的危险降低10倍或更多。然而，也有人争论，由于大多数病例是50岁以上的男人，而且这些疾病相对少见（北美未切除包皮的男人年发病率大约为2/10万人），所以新生儿包皮环切术并非一种有成本效益的预防阴茎癌的干预方法。
男性包皮环切导致的宫颈癌
宫颈癌几乎一致肯定是由人乳头瘤病毒的致癌株引起的性传播疾病。宫颈癌危险与未毁除包皮的男性伴之间关系的证据主要是生态学方面的。在进行包皮环切的某些地区内，宫颈癌是比较少见的。此外，印度的一项病例对照研究显示，终生只有一个性伴的妇女，宫颈癌的发生与出年第一年内未做包皮环切的丈夫有显著关系。虽然宫颈癌及阴茎癌可由同一病原体引起，且阴茎癌与包皮的存在高度相关，但男性伴随侣包皮环切对宫颈癌发生的预防作用还有待于证实。
尿道感染
1993年Wiswell和Hachey对文献中报告的研究进行了Meta分析，这些研究调查了不做包皮环切与男性儿童尿道感染危险之间的关系。共鉴定了9项研究，其中6项为回顾性研究，3项为前瞻性研究。所有研究中未切除包皮的儿童比切除者更可能发生尿道炎，在较大儿童和成年人中也有类似的报道。在北美的欧洲，在生命第一年内未做包皮环切的男孩尿道感染发生率为0.9%-5.3%。然而，对于这一点有人提出争论，如果尿道感染发生率较高，是新生儿期未做包皮环切的唯一不幸后果的话，那么尿道感染发生率必须很高才能说明包皮环切在预防方面的好处超过了并发症。
包皮环切术中的疼痛
1989年美国儿科学会包皮环切特别工作组的调查注意到，儿童在没有麻醉的情况下进行包皮环切术所显示的生理性反应说明他们经受了疼痛和行为改变。最近有人报道，环切包皮的儿童在接种疫苗时具有比未切除包皮儿童更强的疼痛反应。所有新生儿在做包皮环切时均应给予局部麻醉，通过阴茎背神经阻断，或局部用利多卡因-丙胺卡因软膏，或二者并用。
包皮环切术的合并症
1989年美国儿科学会的调查报道包皮环切术后合并症的发病率约为0.2%-0.6%。虽然25年来在美国有两例死于此手术，但大多数合并症是并不严重，最常见的为局部感染及出血压计。另一项调查表明，合并症的发病率较高，在0.2%-2.0%范围之内。
性和精神病学问题
有些人指出，男性包皮环切有长期的精神病学的、情感的和性欲的副作用，但缺乏科学证据。英国1946年开始的一项纵向研究追踪了从出生到27岁的5000多例受试乾，发现包皮环切与未环切包皮者的发育及行为指数没有差别。虽然有些人坚持认为，男人包皮环切影响性欲的满足感，但在这方面所进行的研究很少。一项美国研究调查了女性对男性做包皮环切术的看法，87%的院校老年妇女表示比较喜欢包皮环切的阴茎外型。在乌干达，妇女的性伙伴为未做包皮环切者中，50%的人表示她们喜欢与毁除包皮的男人发生性关系，然而，男人包皮环切与性欲满足或快感之间的关系研究很少；虽然有间接的证据表明，包皮具有重要的感觉功能，但是彻底弄清楚包皮在性健康中所起的作用还需要更进一步的研究。