一方面是前列腺本身的解剖和生理特点造成的，前列腺位置深尤其是前列腺脂质包膜的特殊结构给药物治疗带来一定的困难。
二是病因检测的不明确，这给临床工作带来了很大困难，往往在治疗上目的不明确，没有针对性，造成前列腺炎迁延难愈，另一方面忽视性伴治疗。
有些因性病导致前列腺炎的患者，只知道自己看病，忽略了性伴的检查和治疗，结果形成感染——治疗——再感染——再治疗的恶性循环；尤其是一些患者对该病缺乏正确的认识，不规范治疗和用药，使细菌等致病微生物产生耐药，给医生治疗带来了相当大的难度；因此临床医生在治疗过程中也要充分考虑到这几个方面的因素，在患者的积极配合下明确病因后有针对性地进行治疗，并做好治疗后的预防保健工作，前列腺炎完全可以不再复发。
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