COH最大缺点之一是该治疗周期的激素环境异常，如卵泡期LH水平过高(>基础值1SD以上)和内源性LH峰过早发生。LH水平过高可能引起卵泡发育异常，雄激素与雌激素分泌过多，卵泡过早黄素化(premature follicularluteinization)，LH峰出现前黄体酮分泌升高。由于垂体LH储备减少，导致LH峰值下降，黄体功能不全，子宫内膜发育异常对胚胎种植不利，即使能种植也容易发生早期流产。反之，若胚胎于自然周期或类固醇激素替代治疗周期移植是比较容易获得成功的，均与激素环境有关。卵泡期LH水平过高，LH将抑制卵子减数分裂抑制因子，使卵子过熟或未熟老化不能受精与种植。

　　COH治疗周期中，由于多个卵泡发育，雌激素水平比自然周期迅速增高，大约有20％病者在注射HCG之前反馈性发生过早内源性LH峰，过早内源性LH峰常常为隐匿(attenuation)，峰值不高，较难检测，按其大小程度，可以影响卵子恢复减数分裂、卵泡黄素化或卵泡破裂。如峰大而陡然可导致取卵前发生排卵或收集到过熟卵子，使受精率下降，妊娠率下降，内源性LH峰一旦过早出现，通常列为取消周期(cycle cancel-lation)，不再进行取卵手术。

　　另一个问题是如何才能获得同步成熟的卵子，在目前的刺激方案还未做到，大多数方案所回收到卵子50％～70％是成熟卵子，仍然有中间成熟、未成熟、闭锁，不正常卵子。成熟卵子受精率是比其他的高，尽管未成熟卵子可以通过孵育稍长时间仍有受精机会，但由于对配子成熟与融合过程了解不多，往往难于掌握。使用于IVF的COt{方案有用单一种排卵诱发药物的或联合用药的方案，然而目前有关使用方案的对比性研究比较少，难于对其评述，不过妊娠率除与所用方案有关外，还与卵子回收、实验室条件有关。