非淋菌性尿道炎虽然症状较淋病轻，但危害并不比淋病轻。由于症状较轻，很多患者失去了治疗的最佳时期，从而使治疗非常困难，本病尤其在女性中症状极其轻微，而女性感染者由于症状轻微往往不予治疗，增加了非淋菌性尿道炎传播的机会。
非淋菌性尿道炎引起尿道炎外，在女性约一半以上的患者有合并症，如子宫内膜炎、输卵管炎、宫外孕、不育症和流产。
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